La Compagnie du Midi, ayant construit la gare St-Jean en 1855, commença à poser un embranchement sur les quais en 1863. La même année elle avait atteint la rue Raze sur le Quai des Chartrons. Les voies des quais ont atteint les Bassins à flot au plus tard en 1882.

Un raccordement avec la gare Saint-Louis était nécessaire, mais malgré ses promesses la Compagnie du Médoc n’avait pas entrepris ce chantier. Le conflit entre les deux compagnies ne tarda pas. Mais le raccordement, lui, dut attendre 1890.

En 1904 la construction du 2ème bassin à flot provoque l’engorgement des quais, et il devient évident qu’il fallait dévier le trafic par un contournement de Bordeaux. La Compagnie du Midi obtint la concession d’une ligne de ceinture , puis en 1912 la Compagnie du Médoc est intégrée à celle du Midi, qui a désormais les coudées franches.

Les voies des quais deviennent une simple desserte portuaire, mais elles resteront encore très actives jusqu’aux années 60.